TROFEOS

1977: PRIMERA ESTRELLA

En 1977 llegan al equipo el volante argentino Eduardo «El Indio» Solari y Alfredo «El Maestrico» Arango. Vuelve el defensa Jesús «El Toto» Rubio. En el Torneo Apertura, Junior termina primero con 35 puntos, dos más que su perseguidor Deportivo Cali. Así, Junior ganaba el Torneo Apertura y clasificaba automáticamente al Hexagonal Final. En el Torneo Finalización, Junior quedó ubicado en el grupo A, quedando último con 18 puntos. En el Hexagonal Final, Junior terminó primero con 15 puntos, tres más que el subcampeón Deportivo Cali. Así, Junior obtenía su primer campeonato nacional y su segunda participación en Copa Libertadores.28​ Al final de la temporada se van del equipo los argentinos Eduardo «El Indio» Solari, Juan Ramón Verón y Juan Carlos Delménico.

1980: SEGUNDA ESTRELLA

En 1980 vuelve el arquero argentino Juan Carlos Delménico. En el campeonato colombiano, Junior termina líder del Torneo Apertura con 35 puntos, con los mismos puntos del segundo (Deportivo Cali). Junior y Deportivo Cali clasificaron a los Cuadrangulares Semifinales. En el Torneo Finalización, Junior queda último del grupo A con 10 puntos. En los Cuadrangulares Semifinales, Junior terminó líder del grupo B con 8 puntos, 1 más que el segundo Atlético Nacional, clasificando al Cuadrangular Final, en donde enfrentaría a Atlético Nacional, Deportivo Cali y América de Cali. Junior queda campeón al no perder ningún partido en el Cuadrangular Final y cosechar 9 puntos, sacándole 2 de ventaja al Deportivo Cali que quedó subcampeón con 7 puntos. Junior así conseguía su segunda estrella y su tercera clasificación a Copa Libertadores.

1993: TERCERA ESTRELLA

En 1993 vuelven Alexis Mendoza, Miguel «Niche» Guerrero y Oswaldo Mackenzie. Llegan por primera vez Jorge Bolaño y el máximo ídolo en la historia del equipo y mejor jugador colombiano de la historia:30​ Carlos «El Pibe» Valderrama (incluido en el top 50 de los mejores jugadores de fútbol de la historia según la FIFA). En el Torneo Apertura, Junior queda líder del grupo B con 21 puntos (5 más que el segundo Atlético Nacional) clasificando a los Cuadrangulares Finales. En el Torneo Finalización, Junior termina segundo con 35 puntos (4 menos que el líder Independiente Medellín). De bonificación de los dos torneos, Junior recibió 1,50 puntos. En los Cuadrangulares Finales, Junior queda en el grupo A junto a Atlético Nacional, Millonarios y Once Caldas. Junior queda segundo con los mismos puntos que el líder Atlético Nacional (8,50 puntos). En el Cuadrangular Final, Junior queda líder con 7 puntos (los mismos que el Independiente Medellín). Miguel Ángel «El Niche» Guerrero queda goleador con 34 goles.​ Junior clasifica a su quinta Copa Libertadores y gana por tercera vez el campeonato colombiano.

1995: CUARTA ESTRELLA

En 1995 quedó campeón de Torneo Colombiano con 62 puntos (2 más que el subcampeón América de Cali. Así, Junior gana por cuarta vez el campeonato colombiano y clasifica a su sexta Copa Libertadores. Iván René Valenciano es goleador con 24 goles.

2004: QUINTA ESTRELLA

En el Torneo Apertura 2004, Junior termina quinto con 30 puntos, clasificando a los Cuadrangulares Semifinales. En los cuadrangulares, Junior queda ubicado en el grupo A junto a Atlético Nacional, América de Cali y Deportivo Pasto. Junior termina último con 6 puntos. En el Torneo Finalización 2004, Junior clasifica a los cuadrangulares semifinales, octavo con 28 puntos. Queda ubicado en el grupo B junto a Deportivo Cali, Independiente Medellín y Atlético Bucaramanga, clasificando a la final con 13 puntos (5 más que el Deportivo Cali). En la Final, Junior enfrenta a Atlético Nacional. En el partido de Barranquilla, Junior venció 3-0. En el partido de Medellín, Atlético Nacional vence a Junior 5-2, quedando un resultado global de 5-5 y obligando a la serie de penales en donde Junior vence 5-4. Junior así obtenía su quinto título nacional y su novena clasificación a Copa Libertadores.34​ También Junior fue campeón del torneo amistoso Copa Cotton USA, realizada en Medellín como homenaje a los 10 años de la muerte de Andrés Escobar.

2010: APERTURA, SEXTA ESTRELLA

Para el 2010 llegan al equipo Paulo César Arango, Martín Arzuaga y el defensa panameño Román Torres como principales contrataciones. En la Copa Libertadores queda eliminado al perder la serie con Racing de Uruguay 4-2.41​

En el Torneo Apertura termina tercero del todos contra todos con 32 puntos, dos menos que el líder Deportes Tolima luego de una sufrida clasificación en el que se le dieron los resultados que necesitaba y venció 2-0 a Envigado F. C.. En la semifinal venció a Medellín. En la final enfrentó a Equidad venciendo 3-2 en una final de infarto que se definió por un gol de carambola de Carlos Bacca faltando cuatro minutos para el final del encuentro. Junior así ganaba su sexto campeonato colombiano y clasifica a la Copa Libertadores. Carlos Bacca es goleador con 12 goles, los mismos de Carlos Rentería de La Equidad.42​ Por la Copa Colombia, Junior logra terminar 2° del grupo A con 18 puntos, los mismos que el líder Real Cartagena, quien los superaba por diferencia de goles (5 contra 4), clasificando directamente a los octavos de final, a disputarse al siguiente semestre. Al final del campeonato salen el portero uruguayo Adrian Berbia, así como los delanteros Martín Arzuaga y Emerson Acuña.

2011: FINALIZACIÓN, SEPTIMA ESTRELLA

Para el Torneo Finalización 2011 se cambia nuevamente de presidente, siendo Antonio Char el sucesor de Arturo Char. Junior contrata a Cristian Mejía como principal contratación, procedente del fútbol uruguayo. Después de 3 fechas del campeonato, donde se consiguió una derrota 0 a 3, un empate 0 a 0 y una victoria 4 a 0, Jorge Luis Pinto dejaría la dirección técnica tan solo 3 meses después de asumirla al aceptar una oferta para dirigir a la Selección Costa Rica. Su reemplazo sería José Eugenio «Cheché» Hernández recomendado por el mismo Pinto. El equipo termina 1° en el todos contra todos por primera vez en los torneos cortos, con 1 punto de ventaja sobre el escolta Itagüí Ditaires.45​ En los cuartos de final enfrenta a Boyacá Chicó en una polémica serie donde solo se jugaron 45 minutos en Tunja debido a la agresión a un juez de línea. Boyacá Chicó fue sancionado con la anulación del punto que conseguía hasta ese momento, siendo suficiente el empate 2 a 2 en Barranquilla (después de estar el partido 0-2 en contra de Junior) para lograr clasificar a las semifinales, donde enfrentará a Millonarios en una serie épica donde Junior perdió 3-0 en Bogotá y remontó con el mismo marcador en Barranquilla, definiendo la clasificación desde los penales, donde Junior se impuso 5-4, en un partido donde la afición se hizo sentir. En la final enfrentaría a Once Caldas, ganando 3-2 en Barranquilla (después de remontar un 0-2) y perdiendo 2-1 en Manizales definiendo el título con un 2-4 en los penales, logrando su séptimo título colombiano y la clasificación a la Copa Libertadores 2012. Igualmente, Carlos Bacca logró el Botín de Oro por 2° año consecutivo al anotar 12 goles (2 más que sus perseguidores Germán Cano del Pereira, Lionard Pajoy del Itagüí y su hermano John Pajoy del Once Caldas).

2015: Campeón copa colombia

Junior tuvo una participación destacada en la Copa Colombia 2015 quedando primero en su grupo con 9 puntos, por delante del Real Cartagena, Barranquilla FC, Uniautonoma FC. Junior clasifica a los octavos de final, enfrentándose con Atlético Nacional; perdió 1-0 en la ida con gol de Jonathan Copete, pero clasificó a los cuartos de final, ganando 2-0 en la vuelta gracias a la buena actuación de Jarlan Barrera y Roberto Ovelar. Por cuartos de final, se enfrentó al Deportes Tolima; logrando una victoria 2-1 como local en el estadio Metropolitano y consiguiendo en el estadio de Techo en Bogotá un sufrido empate 1-1, logrando clasificar a semifinales. En la instancia semifinal, se ve la cara con el Independiente Medellín, ganando 2-1 en el estadio Metropolitano; en el juego de vuelta en el estadio Atanasio Girardot, pierde 2-1, obligando a ir a la tanda de los penaltis luego de forzarlos con un golazo de media distancia del mediocampista Jarlan Barrera; ese día, el equipo clasifica a la gran final ganando 1(4)-1(5).

En la gran final se enfrenta con el equipo capitalino, Santa Fe, logrando un resultado importante de 2-0 en el estadio Metropolitano con goles de Juan David Pérez y Jorge Aguirre, que lo llevaba cómodo pero no confiado a la vuelta en el Estadio el Campín. En el juego de vuelta, Independiente Santa Fe ganó 1-0, pero Junior se consagró campeón por haber ganado 2-1 en el global de la serie, logrando así, su primer título de Copa Colombia.

                           

2017: CAMPEÓN DE COPA COLOMBIA

Junior se enfrentó a Once Caldas en octavos de final donde ganaría ambos partidos, la ida de manera de visitante en Manizales con un solitario gol de Roberto Ovelar, y la vuelta en casa una goleada 3 a 0 donde repetiría gol de una manera casi calcada Roberto Ovelar, sellarían la victoria Jarlan Barrera quien fue la figura del partido y David Murillo. En cuartos de final de vería una vez mas en otra serie de eliminación directa con Millonarios, una serie cerrada que se definiría en el último partido en Barranquilla con un gol de penal de Jarlan Barrera provocado por Luis Díaz, clasificando al equipo por cuarta vez consecutiva a una semifinal de copa, siendo esto un récord.

Con una seguidilla de partidos, entre Liga y Copa Sudamericana, Junior utilizaba una nómina mixta para visitar al Patriotas Boyacá, partido que terminaria empatado 1 a 1 con un gol de Sebastián Hernández luego del rebote de un penal desperdiciado por Jarlan Barrera, y otra vez provocado por Luis Díaz. En casa los jugadores Yimmi Chará y Teófilo Gutiérrez despues de haber clasificado con la Selección Colombia a la Copa Mundial de Fútbol de 2018 un dia antes en Perú, se unen a la concentracion del equipo y actuan los 90 minutos del partido donde un unico gol de Roberto Ovelar, después de una jugada fabricada entre los ya mencionados, Teo y Chará, dándole el pase a Junior a su tercera final consecutiva, haciendo otro record.

Junior se corona campeón por segunda vez en su historia de la Copa Colombia, en la que venció al Independiente Medellín, empatando 1-1 en Medellín después de irse al descanso perdiendo con un gol de Jarlan Barrera y ganando 2-0 en Barranquilla con un gol otra vez de Jarlan Barrera a pase de Teófilo Gutiérrez, y sellaría el titulo con un gol de Teo despues de un pase de Yimmi Chará al minuto 88.